MiniSeq Guida del sistema
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MiniSeq Guida del sistema Documento n. 1000000002695 v05 ITA Materiale n. 20014309 DI PROPRIETÀ DI ILLUMINA Aprile 2021 Solo a uso di ricerca. Non usare in procedimenti diagnostici.
Guida del sistema MiniSeq
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Cronologia revisioni
Do cum ento Data Descriz io ne della m o dif ica
Materiale n. 20014309 Aprile 2021 Cambiato l'indice da 8 cicli a 10 cicli.
Documento n.
1000000002695 v05
Materiale n. 20014309 Settembre Aggiornate le informazioni sulla concentrazione di caricamento e sul
Documento n. 2020 software per includere i kit rapidi.
1000000002695 v04
Materiale n. 20014309 Febbraio Aggiornate le informazioni sul flusso di lavoro per le opzioni di corsa
Documento n. 2020 Manual (Manuale) e Local Run Manager.
1000000002695 v03 Aggiornati i genomi preinstallati: rimosso Bacillus_cereus_ATCC_
10987 e aggiunto HumanRNAFusion.
Rimosse le informazioni su BaseSpace Onsite in quanto non è più
supportato.
Modifiche di minore entità al testo.
Materiale n. 20014309 Marzo 2018 Aggiunte informazioni sul servizio di monitoraggio proattivo Illumina
Documento n. nella sezione Configurazione delle impostazioni del sistema.
1000000002695 v02 Rimossi nome utente e password predefiniti richiesti per l'accesso al
sistema operativo. Illumina raccomanda di utilizzare le credenziali
specifiche per il laboratorio.
Modifiche di minore entità al testo.
Materiale n. 20014309 Settembre Aggiornate le descrizioni del software a MiniSeq Control Software
Documento n. 2016 v1.1.8, che include la modalità demo.
1000000002695 v01 Aggiornata la durata del lavaggio post-corsa automatico a 60 minuti.
Aggiunta alle istruzioni una fase di configurazione del server per
selezionare BaseSpace per l'analisi.
Annotato che le unità mappate non sono supportate dal software
Local Run Manager.
Materiale n. 20002370 Gennaio Versione iniziale.
Documento n. 2016
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Sommario
Capitolo 1 Descrizione generale 1
Introduzione 1
Risorse aggiuntive 1
Componenti dello strumento 2
Panoramica sui materiali di consumo per il sequenziamento 5
Database e genomi preinstallati 7
Capitolo 2 Informazioni preliminari 8
Avvio dello strumento 8
Personalizzazione delle impostazioni del sistema 9
Apparecchiature e materiali di consumo forniti dall'utente 11
Capitolo 3 Sequenziamento 12
Introduzione 12
Preparazione dei materiali di consumo 13
Preparazione delle librerie per il sequenziamento 14
Impostazione di una corsa di sequenziamento 15
Monitoraggio del progresso della corsa 24
Lavaggio post-corsa automatico 25
Rimozione del serbatoio usato dalla posizione n. 9 26
Capitolo 4 Manutenzione 28
Introduzione 28
Esecuzione di un lavaggio manuale dello strumento 28
Aggiornamenti del software 31
Appendice A Risoluzione dei problemi 34
File di risoluzione dei problemi 34
Errori della verifica automatica 35
Errori di RTA 37
Flusso di lavoro di reibridazione 37
Verifica del sistema 39
Impostazioni della configurazione della rete 41
Genomi personalizzati 43
Spegnimento dello strumento 43
Appendice B Real-Time Analysis 44
Descrizione generale di Real-Time Analysis 44
File di input e output 44
Flusso di lavoro di Real-Time Analysis 45
Appendice C File di output 50
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Solo a uso di ricerca. Non usare in procedimenti diagnostici.
Guida del sistema MiniSeq
File di output del sequenziamento 50
Struttura della cartella di output del sequenziamento 51
Requisiti dei file di input dell'analisi 51
Indice 52
Assistenza Tecnica 55
Documento n. 1000000002695 v05 ITA Materiale n. 20014309 v
Solo a uso di ricerca. Non usare in procedimenti diagnostici.
Capitolo 1 Descrizione generale
Introduzione 1
Risorse aggiuntive 1
Componenti dello strumento 2
Panoramica sui materiali di consumo per il sequenziamento 5
Database e genomi preinstallati 7
Introduzione
Il sistema MiniSeq™ Illumina ® fornisce la tecnologia di sequenziamento di elevata qualità Illumina, standard
nel settore, con la praticità di un sistema da banco economico e di facile utilizzo.
Caratteristiche
u Sequenziamento di elevata qualità: il sistema MiniSeq consente di ottenere genoma piccolo, amplicone,
arricchimento mirato e sequenziamento dell'RNA utilizzando bassi volumi delle librerie.
u Software del sistema MiniSeq: il sistema MiniSeq comprende un gruppo di software integrati che
controlla le operazioni dello strumento, elabora la immagini e genera le identificazioni delle basi. Il gruppo
di software comprende software di analisi dei dati integrata sullo strumento e strumenti di trasferimento
dei dati utilizzando altre opzioni, quali BaseSpace Sequence Hub.
u Analisi dei dati integrata sullo strumento: il software Local Run Manager analizza i dati della corsa in
base al modulo di analisi indicato per la corsa. Nel software è incluso un gruppo di moduli di analisi.
®
u Integrazione con BaseSpace Sequence Hub: il flusso di lavoro di sequenziamento è integrato con
BaseSpace Sequence Hub, l'ambiente di calcolo genomico Illumina per l'analisi dei dati,
l'archiviazione e la collaborazione. I file di output sono trasferiti in tempo reale a BaseSpace
Sequence Hub per l'analisi.
u Praticità del caricamento della cella a flusso: un meccanismo a morsetti posiziona la cella a flusso quando
viene caricata sullo strumento. Una cartuccia di reagenti monouso e precaricata fornisce i reagenti
necessari per una corsa e per il successivo lavaggio dello strumento. La cella a flusso e la cartuccia di
reagenti include l'identificazione integrata che consente il monitoraggio accurato.
Risorse aggiuntive
Le pagine di supporto del sistema MiniSeq sul sito Web Illumina forniscono risorse aggiuntive su software,
formazione, prodotti compatibili e la seguente documentazione. Controllare sempre le pagine di supporto per
verificare le ultime versioni disponibili.
Riso rsa Descriz io ne
Custom Protocol Selector Una procedura guidata per creare documentazione end-to-end personalizzata per
il metodo di preparazione delle librerie, i parametri della corsa e il metodo di analisi
utilizzati per la corsa di sequenziamento.
Guida alla preparazione della Fornisce le specifiche relative ai locali del laboratorio, i requisiti elettrici e
sede di installazione del sistema ambientali.
MiniSeq (documento n.
1000000002696)
Guida sulla sicurezza e Fornisce informazioni relative agli aspetti di sicurezza del funzionamento, alle
conformità del sistema MiniSeq dichiarazioni di conformità e alle etichette dello strumento.
(documento n. 1000000002698)
Documento n. 1000000002695 v05 ITA Materiale n. 20014309 1
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Riso rsa Descriz io ne
Guida alla conformità del modulo Fornisce informazioni sul lettore RFID nello strumento, certificazioni di conformità e
del lettore RFID (documento n. considerazioni relative alla sicurezza.
1000000002699)
MiniSeq System Denature and Fornisce istruzioni per denaturare e diluire le librerie preparate per una corsa di
Dilute Libraries Guide (documento sequenziamento e per preparare un campione di controllo PhiX facoltativo.
n. 1000000002697) (Guida alla
denaturazione e alla diluizione
delle librerie del sistema MiniSeq)
Local Run Manager Software Fornisce informazioni sull'utilizzo del software Local Run Manager e sulle opzioni di
Guide (documento n. analisi disponibili.
1000000002702) (Guida del
software Local Run Manager)
Componenti dello strumento
Il sistema MiniSeq include un monitor touch screen, una barra di stato, uno scomparto della cella a flusso e
uno scomparto reagenti.
Figura 1 Componenti dello strumento
A Monitor touch screen: consente la configurazione e l'impostazione della corsa integrate sullo strumento
utilizzando l'interfaccia del software di controllo.
B Pulsante di accensione: accende il computer integrato allo strumento e il sistema operativo.
C Porte USB: comode connessioni per i componenti periferici.
D Scomparto della cella a flusso: contiene la cella a flusso durante una corsa di sequenziamento.
E Barra di stato: indica lo stato dello strumento come in elaborazione (blu), richiede attenzione (arancione),
pronto per il sequenziamento (verde) o quando è necessario eseguire un lavaggio entro 24 ore (giallo).
F Scomparto reagenti: contiene la cartuccia di reagenti e il flacone dei reagenti usati.
Scomparto della cella a flusso
Il piano portacelle comprende il coperchio a scatto della cella a flusso, che assicura la cella a flusso quando è
chiusa. Quando il coperchio a scatto si chiude, i perni accanto alla base del coperchio a scatto allineano le
porte della cella a flusso con le connessioni della fluidica.
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Figura 2 Scomparto della cella a flusso
A Sportello dello scomparto della cella a flusso
B Coperchio a scatto della cella a flusso
C Piano portacelle
D Cella a flusso
E Pulsante di sblocco del coperchio a scatto della cella a flusso
La stazione termica, situata sotto il piano portacelle, controlla le variazioni di temperatura necessarie per la
generazione di cluster e il sequenziamento.
NOTA
Non porre oggetti sullo strumento accanto allo scomparto della cella a flusso.
Scomparto reagenti
L'impostazione di una corsa di sequenziamento sul sistema MiniSeq richiede l'accesso allo scomparto
reagenti per caricare i materiali di consumo della corsa e per svuotare il flacone dei reagenti usati.
Figura 3 Scomparto reagenti
A Flacone dei reagenti usati: include un tappo filettato per impedire fuoriuscite durante il trasporto.
B Cartuccia di reagenti: fornisce i reagenti in un materiale di consumo monouso preriempito.
C Sportello dello scomparto reagenti: fornisce accesso allo scomparto reagenti.
Lo sportello dello scomparto reagenti si apre verso l'esterno mediante le cerniere poste sul bordo dello
strumento. Per aprire lo sportello, tirare delicatamente in avanti a partire dalle cerniere laterali dello sportello.
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NOTA
Non posizionare oggetti sullo sportello dello scomparto reagenti. Lo sportello dello scomparto non è
progettato per essere utilizzato come un ripiano di appoggio.
Pulsante di alimentazione
Il pulsante di alimentazione si trova nella parte anteriore dello strumento e permette di accendere lo
strumento e il computer dello strumento. Il pulsante di alimentazione esegue le seguenti azioni in base allo
stato di accensione dello strumento.
Stato di accensio ne Intervento
Lo strumento è spento Premere brevemente il pulsante per accendere l'alimentazione.
Lo strumento è acceso Premere brevemente il pulsante per spegnere l'alimentazione. Sullo schermo viene
visualizzata una finestra di dialogo per confermare uno spegnimento normale dello
strumento.
Lo strumento è acceso Premere e tenere premuto il pulsante di alimentazione per 10 secondi per forzare lo
spegnimento dello strumento e del computer dello strumento.
Utilizzare questo metodo per spegnere lo strumento solo se lo strumento non risponde.
NOTA
In condizioni normali, non spegnere lo strumento.
Spegnere lo strumento durante una corsa di sequenziamento termina la corsa immediatamente. La
terminazione di una corsa è definitiva. I materiali di consumo non possono essere riutilizzati e i dati di
sequenziamento non sono salvati.
Software del sistema
Il gruppo di software dello strumento comprende applicazioni integrate che eseguono le corse di
sequenziamento e l'analisi integrata sullo strumento.
u MiniSeq Control Software: il software di controllo guida l'utente nella procedura d'impostazione di una
corsa di sequenziamento, controlla le operazioni dello strumento e mostra una panoramica delle
statistiche della corsa mentre la corsa è in elaborazione.
u Software Real-Time Analysis (RTA): RTA esegue l'analisi delle immagini e l'identificazione delle basi
durante la corsa. Vedere Descrizione generale di Real-Time Analysis a pagina 44.
u Local Run Manager: prima di eseguire il sequenziamento, utilizzare Local Run Manager per specificare i
parametri della corsa e il metodo di analisi. Dopo il sequenziamento, l'analisi dei dati integrata sullo
strumento si avvia automaticamente. Per maggiori informazioni, vedere la Local Run Manager Software
Guide (documento n. 1000000002702) (Guida del software Local Run Manager).
Icone di stato
Un'icona di stato situata nell'angolo superiore destro della schermata dell'interfaccia del software di controllo
indica qualsiasi cambiamento nella condizione durante l'impostazione della corsa o durante la corsa.
Documento n. 1000000002695 v05 ITA Materiale n. 20014309 4
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Ico na di No m e dello Descriz io ne
stato stato
Status OK Le condizioni del sistema sono normali.
(Stato OK)
Processing Il sistema è in fase di elaborazione.
(Elaborazione)
Attention È richiesta attenzione.
(Attenzione)
Warning Si è verificata un'avvertenza.
(Avvertenza) Le avvertenze non arrestano una corsa o richiedono un intervento prima di poter
procedere.
Error (Errore) Si è verificato un errore.
Gli errori richiedono un intervento prima di poter procedere con la corsa.
Quando si verifica un cambiamento nelle condizioni operative, l'icona lampeggia per avvertire l'utente.
Selezionare l'icona per visualizzare una descrizione della condizione. Selezionare Acknowledge (Conferma)
per confermare di aver letto il messaggio e Close (Chiudi) per chiudere la finestra di dialogo.
Panoramica sui materiali di consumo per il sequenziamento
L'esecuzione di una corsa di sequenziamento sul sistema MiniSeq richiede un MiniSeq Kit monouso. Ogni kit
include una cella a flusso e i reagenti richiesti per una corsa di sequenziamento.
La cella a flusso e la cartuccia di reagenti utilizzano l'identificazione a radio frequenza (Radio-Frequency
IDentification, RFID) per il corretto monitoraggio dei materiali di consumo e per assicurare la compatibilità con
determinati parametri della corsa.
Cella a flusso
La cella a flusso è un substrato su vetro su cui vengono generati i cluster e viene eseguita la reazione di
sequenziamento. La cella a flusso è racchiusa in una cartuccia della cella a flusso.
Figura 4 Componenti della cella a flusso
A Area di imaging
B Guarnizione della cella a flusso
C Porta di uscita
D Porta di ingresso
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I reagenti penetrano nella cella a flusso tramite la porta di ingresso, attraversano l'area di imaging a singola
corsia e defluiscono dalla porta di uscita.
La cella a flusso viene fornita asciutta in una provetta per cella a flusso avvolta in una confezione in alluminio.
Conservare la cella a flusso nella confezione in alluminio sigillata a una temperatura compresa tra 2 °C e 8 °C
fino all'utilizzo. Per maggiori informazioni, vedere Preparazione della cella a flusso a pagina 13.
Panoramica sulla cartuccia di reagenti
La cartuccia di reagenti è un materiale di consumo monouso dotato di serbatoi sigillati preriempiti con
reagenti per la generazione di cluster, per il sequenziamento e per il lavaggio.
Figura 5 Cartuccia di reagenti
La cartuccia di reagenti comprende un serbatoio designato al caricamento delle librerie preparate. Dopo
l'avvio della corsa, le librerie vengono trasferite automaticamente dalla cartuccia di reagenti alla cella a flusso.
AVVERTENZA
Questo set di reagenti contiene materiali chimici potenzialmente pericolosi. L'inalazione, l'ingestione, il
contatto con la pelle o con gli occhi possono causare lesioni personali. Indossare l'attrezzatura protettiva,
inclusi protezione per gli occhi, guanti e indumento da laboratorio appropriato per evitare i rischi di
esposizione. Manipolare i reagenti usati come rifiuti chimici e smaltirli in base alle leggi e alle regolamentazioni
applicabili a livello regionale, nazionale e locale. Per ulteriori informazioni ambientali, di salute e di sicurezza,
vedere le SDS alla pagina Web support.illumina.com/sds.html.
Conservare la cartuccia di reagenti a una temperatura compresa tra -25 °C e -15 °C fino all'utilizzo. Per
maggiori informazioni, vedere Preparazione della cartuccia di reagenti a pagina 13.
Documento n. 1000000002695 v05 ITA Materiale n. 20014309 6
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Serbatoi riservati
Figura 6 Serbatoi numerati
Po siz io ne Descriz io ne
13, 14 e 15 Riservate per i primer personalizzati facoltativi
16 Caricamento delle librerie
Serbatoio rimovibile in posizione n. 9
La cartuccia di reagenti preriempita include un reagente di denaturazione nella posizione n. 9 che contiene
formammide. Per semplificare lo smaltimento sicuro di qualsiasi reagente non utilizzato dopo una corsa di
sequenziamento, questo serbatoio è rimovibile. Per maggiori informazioni, vedere Rimozione del serbatoio
usato dalla posizione n. 9 a pagina 26.
Database e genomi preinstallati
Per la maggior parte dei metodi di analisi, è richiesto un riferimento per eseguire l'allineamento. Diversi
database e genomi di riferimento sono preinstallati sul computer dello strumento.
Preinstallato Descriz io ne
Database • miRbase, umano
• dbSNP, umano
• RefGene, umano
Geno m i • Arabidopsis thaliana • HumanRNAFusion
• Bacillus_cereus_ATCC_10987 • Topo (Mus musculus)
• Mucca (Bos taurus) • PhiX
• E. coli ceppo DH10B • Ratto (Rattus norvegicus)
• E. coli ceppo MG1655 • Rhodobacter sphaeroides 2.4.1
• Mosca della frutta (Drosophila melanogaster) • Staphylococcus aureus NCTC 8325
• Umano (Homo sapiens) build hg19 • Lievito (Saccharomyces cerevisiae S288C)
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Solo a uso di ricerca. Non usare in procedimenti diagnostici.Capitolo 2 Informazioni preliminari
Avvio dello strumento 8
Personalizzazione delle impostazioni del sistema 9
Apparecchiature e materiali di consumo forniti dall'utente 11
Avvio dello strumento
Assicurarsi che lo strumento sia stato installato e inizializzato correttamente e che sia stata completata
l'impostazione dello strumento. L'avvio dello strumento prima che questo sia pronto potrebbe danneggiare il
sistema.
1 Portare l'interruttore di alimentazione in posizione I (acceso).
Figura 7 Interruttore di alimentazione sulla parte posteriore dello strumento
2 Premere il pulsante di alimentazione sopra lo scomparto reagenti.
Il pulsante di alimentazione accende il computer integrato allo strumento e il sistema operativo.
Figura 8 Pulsante di alimentazione sulla parte anteriore dello strumento
3 Attendere che il sistema operativo completi il caricamento.
La finestra iniziale di Windows si apre dopo l'inizializzazione. Premere qualsiasi tasto per aprire la finestra
di accesso di Windows.
4 Accedere all'account Windows desiderato. Se necessario, rivolgersi all'amministratore della struttura per
ottenere il nome utente e la password.
5 Se viene selezionato un account utente generico, MiniSeq Control Software viene avviato e inizializza il
sistema automaticamente. Se viene selezionato un account di amministratore, MiniSeq Control Software
deve essere lanciato facendo doppio clic sull'icona del sistema MiniSeq che si trova sul desktop.
Documento n. 1000000002695 v05 ITA Materiale n. 20014309 8
Solo a uso di ricerca. Non usare in procedimenti diagnostici.Guida del sistema MiniSeq
Personalizzazione delle impostazioni del sistema
Il software di controllo include impostazioni personalizzabili per l'identificazione dello strumento e per le
preferenze del flusso di lavoro seguenti:
u Utilizzare la tastiera sullo schermo per la procedura d'impostazione della corsa.
u Spurgare i materiali di consumo al termine della corsa.
u Attivare gli indicatori audio.
u Invio dei dati delle prestazioni dello strumento a Illumina.
u Saltare la conferma della verifica pre-corsa per avviare la corsa automaticamente.
u Controllare automaticamente gli aggiornamenti del software (in BaseSpace Sequence Hub).
u Abilitare le ricette personalizzate.
Personalizzazione dell'identificazione dello strumento
1 Dalla schermata Manage Instrument (Gestione strumento), selezionare System Customization
(Personalizzazione sistema).
2 Per assegnare un'immagine avatar allo strumento, selezionare Browse (Sfoglia) e andare all'immagine
preferita.
3 Nel campo Nick Name (Nome personalizzato), immettere un nome preferito per lo strumento.
4 Selezionare Save (Salva) per salvare le impostazioni e passare alla schermata successiva.
L'immagine e il nome vengono visualizzati nell'angolo superiore sinistro di ogni schermata.
Impostazione dell'opzione di spurgo automatico
1 Dalla schermata Manage Instrument (Gestione strumento), selezionare System Customization
(Personalizzazione sistema).
2 Selezionare la casella di controllo Purge consumables at end of run (Spurga i materiali di consumo al
termine della corsa).
Questa impostazione spurga automaticamente i reagenti non utilizzati dalla cartuccia di reagenti al
flacone dei reagenti usati dopo ogni corsa. Se questa impostazione è disattivata, i reagenti non usati
rimangono nella cartuccia di reagenti.
NOTA
Lo spurgo automatico dei materiali di consumo allunga il flusso di lavoro. Ad esempio, lo spurgo dei reagenti
dopo una corsa da 300 cicli (2 × 151), impiega circa 50 minuti.
3 Selezionare Save (Salva) per salvare le impostazioni e uscire dalla schermata.
Impostazione dell'opzione di avvio automatico
1 Dalla schermata Manage Instrument (Gestione strumento), selezionare System Customization
(Personalizzazione sistema).
2 Selezionare la casella di controllo Skip pre-run check confirmation (Salta conferma della verifica pre-
corsa).
Documento n. 1000000002695 v05 ITA Materiale n. 20014309 9
Solo a uso di ricerca. Non usare in procedimenti diagnostici.Guida del sistema MiniSeq
Questa impostazione avvia automaticamente la corsa di sequenziamento dopo una verifica automatica
completata correttamente. Se questa impostazione è disattivata, avviare la corsa manualmente dopo la
verifica pre-corsa.
3 Selezionare Save (Salva).
Impostazione della verifica automatica per gli aggiornamenti software
1 Dalla schermata Manage Instrument (Gestione strumento), selezionare System Customization
(Personalizzazione sistema).
2 Selezionare la casella di controllo Automatically check for software updates (Verifica automaticamente gli
aggiornamenti software).
È richiesta una connessione Internet.
3 Selezionare Save (Salva) per salvare le impostazioni e uscire dalla schermata.
Impostazione dell'opzione della tastiera sullo schermo
1 Dalla schermata Manage Instrument (Gestione strumento), selezionare System Customization
(Personalizzazione sistema).
2 Selezionare la casella di controllo Use on-screen keyboard (Utilizza la tastiera sullo schermo).
Questa impostazione abilita la tastiera sullo schermo per l'immissione dei dati durante la procedura
d'impostazione della corsa.
3 Selezionare Save (Salva).
Attivazione degli indicatori audio
1 Dalla schermata Manage Instrument (Gestione strumento), selezionare System Customization
(Personalizzazione sistema).
2 Selezionare la casella di controllo Play audio (Attiva audio) per attivare gli indicatori audio per i seguenti
eventi.
u All'inizializzazione dello strumento
u All'avvio di una corsa
u Al verificarsi di un errore
u Alla richiesta di intervento da parte dell'utente
u Al termine di una corsa
3 Selezionare Save (Salva).
Invio dei dati delle prestazioni dello strumento a Illumina
L'opzione Send Instrument Performance Data to Illumina (Invia i dati delle prestazioni dello strumento a
Illumina) è attivato per impostazione predefinita. Questa opzione invia i dati delle prestazioni dello strumento
(ma non i dati della corsa) a un server BaseSpace Sequence Hub.
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Solo a uso di ricerca. Non usare in procedimenti diagnostici.Guida del sistema MiniSeq
Apparecchiature e materiali di consumo forniti dall'utente
Le apparecchiature e i materiali indicati di seguito sono utilizzati per il sequenziamento e la manutenzione del
sistema.
Materiali di consumo per il sequenziamento
Materiale di co nsum o Fo rnito re Sco po
1 N di NaOH Fornitore di laboratorio generico Denaturazione della libreria, diluita a
(idrossido di sodio) 0,1 N
Salviettine imbevute di alcol VWR, n. di catalogo 95041-714 Pulizia della cella a flusso e per uso
isopropilico al 70% (o equivalente) generico
oppure Fornitore di laboratorio generico
etanolo al 70%
Guanti monouso, privi di polvere Fornitore di laboratorio generico Uso generico
Panno da laboratorio a VWR, n. di catalogo 21905-026, Pulizia della cella a flusso
bassissimo rilascio di particelle o equivalente
Materiali di consumo per la manutenzione e la risoluzione dei problemi
Materiale di co nsum o Fo rnito re Sco po
NaOCl, 5% Sigma-Aldrich, n. di catalogo 239305 Esecuzione di un lavaggio post-corsa
(ipoclorito di sodio) (o equivalente da laboratorio) manuale; diluito allo 0,12%
Tween 20 Sigma-Aldrich, n. di catalogo P7949 Esecuzione di un lavaggio manuale
dello strumento; diluito allo 0,05%
Acqua da laboratorio Fornitore di laboratorio generico Esecuzione di un lavaggio manuale
dello strumento
Linee guida per l'acqua da laboratorio
Per eseguire le procedure dello strumento utilizzare sempre acqua da laboratorio o acqua deionizzata. Non
usare mai acqua di rubinetto. Utilizzare solo acqua da laboratorio o gli equivalenti seguenti:
u Acqua deionizzata
u PW1 Illumina
u Acqua con resistività pari a 18 Megohm (MΩ)
u Acqua Milli-Q
u Acqua Super-Q
u Acqua sterile per biologia molecolare
Apparecchiatura
Apparecchio Fo rnito re
Congelatore, temperatura compresa tra -25 °C e -15 °C, antibrina Fornitore di laboratorio generico
Portaghiaccio Fornitore di laboratorio generico
Frigorifero, temperatura compresa tra 2 °C e 8 °C Fornitore di laboratorio generico
Documento n. 1000000002695 v05 ITA Materiale n. 20014309 11
Solo a uso di ricerca. Non usare in procedimenti diagnostici.Capitolo 3 Sequenziamento Introduzione 12 Preparazione dei materiali di consumo 13 Preparazione delle librerie per il sequenziamento 14 Impostazione di una corsa di sequenziamento 15 Monitoraggio del progresso della corsa 24 Lavaggio post-corsa automatico 25 Rimozione del serbatoio usato dalla posizione n. 9 26 Introduzione Per eseguire una corsa di sequenziamento sul sistema MiniSeq, preparare tutti i materiali di consumo per la corsa e attenersi ai suggerimenti del software per impostare la corsa di sequenziamento. Descrizione generale del flusso di lavoro Generazione di cluster Durante la generazione di cluster, singole molecole di DNA si legano alla superficie della cella a flusso e in seguito vengono sottoposte ad amplificazione per formare i cluster. Sequenziamento I cluster vengono sottoposi a imaging utilizzando la chimica di sequenziamento a due canali e una combinazione di filtri specifici per ciascun terminatore di catena marcato con coloranti fluorescenti. Al termine dell'imaging di una tile sulla cella a flusso, la tile successiva viene sottoposta a imaging. Il processo è ripetuto per ciascun ciclo di sequenziamento. Dopo l'analisi delle immagini, il software esegue l'identificazione delle basi, il filtraggio e il calcolo dei punteggi qualitativi. Analisi Man mano che la corsa procede, il software di controllo trasferisce automaticamente i file di identificazione delle basi (BCL) alla posizione di output specificata per l'analisi dei dati. Sono disponibili diversi metodi di analisi in base all'applicazione e alla configurazione di analisi selezionata per il sistema. Durata della corsa di sequenziamento La durata della corsa di sequenziamento dipende dal numero di cicli eseguiti. La lunghezza massima di una corsa è una corsa paired-end da 150 cicli, con l'aggiunta di un massimo di due letture indici di dieci cicli ciascuna. Per le durate previste e altre specifiche di sistema, visitare la pagina delle specifiche del sistema MiniSeq sul sito Web Illumina. Numero di cicli di sequenziamento in una lettura In una corsa di sequenziamento, il numero di cicli eseguiti in una lettura è pari a un ciclo in più rispetto al numero di cicli analizzati. Ad esempio, per eseguire una corsa paired-end da 150 cicli, impostare la corsa con 151 cicli per lettura (2 × 151) per un totale di 302 cicli. Al termine della corsa, si analizzano 2 × 150 cicli. Il ciclo extra in ogni lettura viene utilizzato per i calcoli della determinazione delle fasi (phasing) e della predeterminazione delle fasi (prephasing). Documento n. 1000000002695 v05 ITA Materiale n. 20014309 12 Solo a uso di ricerca. Non usare in procedimenti diagnostici.
Guida del sistema MiniSeq
Preparazione dei materiali di consumo
Preparazione della cartuccia di reagenti
1 Rimuovere la cartuccia di reagenti dal luogo di conservazione con temperatura tra -25 °C e -15 °C.
2 Scongelare i reagenti mediante le opzioni di bagno d'acqua seguenti. Non sommergere la cartuccia. Una
volta scongelata la cartuccia, asciugarne la base prima di procedere.
Meto do T em po di sco ng elam ento Lim ite di stabilità
Bagno d'acqua a 37 °C 35 minuti Fino a 2 ore
Bagno d'acqua a temperatura 90 minuti Fino a 24 ore
ambiente
(tra 19 °C e 25 °C)
Se si scongelano più cartucce nello stesso bagnomaria, consentire più tempo per lo scongelamento.
In alternativa, scongelare i reagenti utilizzando le opzioni seguenti.
Meto do T em po di sco ng elam ento Lim ite di stabilità
Aria a temperatura ambiente 5 ore Fino a 24 ore
(tra 19 °C e 25 °C)
Refrigerata a una temperatura 18 ore Fino a 72 ore
compresa tra 2 °C e 8 °C
3 Capovolgere la cartuccia cinque volte per miscelare i reagenti.
4 Ispezionare i serbatoi grandi dalla parte inferiore della cartuccia per assicurarsi che i reagenti siano
scongelati e che i serbatoi siano privi di cristalli di ghiaccio.
5 Picchiettare delicatamente sul banco per ridurre le bolle d'aria.
Preparazione della cella a flusso
1 Rimuovere dalla confezione una nuova cella a flusso dalla temperatura di conservazione compresa tra
2 °C e 8 °C.
2 Tenere la confezione della cella a flusso chiusa a temperatura ambiente per 30 minuti.
NOTA
Evitare il raffreddamento e il riscaldamento ripetuti della cella a flusso.
3 Rimuovere il contenitore della cella a flusso dalla confezione in alluminio.
4 Indossare un nuovo paio di guanti privi di polvere.
5 Afferrare la cella a flusso dalla cartuccia in plastica e rimuoverla dal contenitore.
Figura 9 Rimozione della cella a flusso
Documento n. 1000000002695 v05 ITA Materiale n. 20014309 13
Solo a uso di ricerca. Non usare in procedimenti diagnostici.Guida del sistema MiniSeq
6 Pulire la superficie in vetro della cella a flusso con una salvietta imbevuta di alcool che non lascia residui.
7 Asciugare con un panno pulente per lenti che non lascia residui. Prestare attenzione intorno alla
guarnizione nera della cella a flusso.
8 Ispezionare le porte della cella a flusso per eventuali ostruzioni. Assicurarsi che la guarnizione sia
posizionata correttamente.
Preparazione delle librerie per il sequenziamento
Denaturazione e diluizione delle librerie
Prima di caricare le librerie sulla cartuccia di reagenti, denaturare e diluire le librerie e aggiungere un
campione di controllo PhiX facoltativo. Per maggiori informazioni, vedere MiniSeq System Denature and Dilute
Libraries Guide (documento n. 1000000002697) (Guida alla denaturazione e alla diluizione delle librerie del
sistema MiniSeq).
Il volume di caricamento per il sistema MiniSeq è di 500 µl. La concentrazione di caricamento è 1,4 pM per i
kit standard e di 1,6 pM per i kit rapidi. In pratica, la concentrazione di caricamento può variare in base ai
metodi di preparazione e di quantificazione delle librerie.
Caricamento delle librerie sulla cartuccia di reagenti
1 Pulire il sigillo che copre il serbatoio n. 16 etichettato Load Library Here (Carica qui le librerie) con un
panno a bassissimo rilascio di particelle.
2 Forare il sigillo con la punta di una pipetta pulita da 1 ml.
3 Dispensare 500 µl di librerie preparate a una concentrazione di caricamento di 1,4 pM o 1,6 pM nel
serbatoio n. 16. Non toccare il sigillo mentre si dispensano le librerie.
Figura 10 Caricamento delle librerie
Documento n. 1000000002695 v05 ITA Materiale n. 20014309 14
Solo a uso di ricerca. Non usare in procedimenti diagnostici.Guida del sistema MiniSeq
Impostazione di una corsa di sequenziamento
La procedura d'impostazione della corsa dipende dalla configurazione del sistema:
u Configurazione indipendente: il sistema suggerisce all'utente di definire i parametri della corsa sulla
schermata Run Setup (Impostazione corsa) del software di controllo.
u Configurazione Local Run Manager: selezionare da un elenco di corse predefinite in Local Run Manager.
Se in System Settings (Impostazioni sistema) è stato abilitato User Management (Gestione utente), sono
richieste le informazioni di accesso. Per impostazione predefinita, la funzione User Management (Gestione
utente) è disattivata.
Impostazione di una corsa (configurazione manuale)
1 Nella schermata Home (Inizio), selezionare Sequence (Sequenziamento).
Il comando Sequence (Sequenzia) rilascia i materiali di consumo utilizzati in una corsa precedente e apre
la serie di schermate per l'impostazione della corsa.
2 Nella schermata Run Mode (Modalità corsa), selezionare Manual (Manuale).
3 Facoltativo: selezionare Use BaseSpace Sequence Hub (Utilizza BaseSpace Sequence Hub).
Selezionare monitoraggio e archiviazione della corsa o solo monitoraggio della corsa. Quando abilitato,
sono richiesti un login a BaseSpace Sequence Hub e una connessione Internet.
Immissione dei parametri della corsa
1 Immettere un nome della corsa scelto dall'utente.
2 [Facoltativo] Immettere un ID della libreria scelto dall'utente.
3 Selezionare un tipo di lettura, Single read (Unidirezionale) oppure Paired end (Paired-end).
4 Inserire il numero di cicli per ciascuna lettura nella corsa di sequenziamento.
u Read 1 (Lettura 1): immettere un valore fino a 151 cicli.
u Index 1 (Indice 1): immettere fino a 10 cicli per il primer Index 1 (i7) (Indice 1 - i7).
u Index 2 (Indice 2): immettere fino a 10 cicli per il primer Index 2 (i5) (Indice 2 - i5).
u Read 2 (Lettura 2): immettere un valore fino a 151 cicli. Di solito questo valore è lo stesso numero di
cicli di Read 1 (Lettura 1).
Il software di controllo conferma il numero dei cicli specificati utilizzando i seguenti criteri:
u I cicli totali non superano i cicli massimi consentiti in base alla cartuccia di reagenti caricata per la
corsa.
u I cicli per Read 1 (Lettura 1) sono superiori ai sei cicli richiesti per la generazione della griglia per
l'identificazione dei cluster.
u I cicli di Index Read (Lettura indici) non superano i cicli Read 1 (Lettura 1) e Read 2 (Lettura 2).
NOTA
Assicurarsi di specificare il numero di cicli di Index Read (Lettura indici) appropriato per le librerie che si
stanno sequenziando. Per maggiori informazioni, vedere la documentazione relativa alla preparazione
delle librerie.
5 [Facoltativo] Se si stanno usando primer personalizzati, selezionare la casella di controllo per i primer
usati.
u Read 1 (Lettura 1): primer personalizzati per Read 1 (Lettura 1).
u Index 1 (Indice 1): primer personalizzati per Index 1 (Indice 1).
Documento n. 1000000002695 v05 ITA Materiale n. 20014309 15
Solo a uso di ricerca. Non usare in procedimenti diagnostici.Guida del sistema MiniSeq
u Index 2 (Indice 2): primer personalizzati per Index 2 (Indice 2).
u Read 2 (Lettura 2): primer personalizzati per Read 2 (Lettura 2).
6 [Facoltativo] Modificare le impostazioni per la corsa attuale.
u Purge consumables for this run (Spurgo dei materiali di consumo per questa corsa): modificare
questa impostazione per spurgare automaticamente i materiali di consumo dopo la corsa attuale.
u Output folder (Posizione cartella di output): modificare la posizione della cartella di output per la corsa
attuale. Selezionare Browse (Sfoglia) e andare alla posizione della cartella.
7 Selezionare Next (Avanti).
NOTA
Non aprire lo sportello dello scomparto reagenti o lo sportello dello scomparto della cella a flusso durante
la verifica automatica o durante la corsa di sequenziamento.
Caricamento della cella a flusso
1 Aprire lo sportello dello scomparto della cella a flusso.
2 Premere il pulsante di sblocco a destra del coperchio a scatto della cella a flusso.
Figura 11 Apertura del coperchio a scatto della cella a flusso
3 Se presente, rimuovere la cella a flusso usata in una corsa precedente.
4 Accertarsi che il piano portacelle sia pulito. Se sono presenti residui, pulire il piano portacelle con una
salvietta imbevuta di alcol.
5 Posizionare la cella a flusso sul piano portacelle sopra i perni di allineamento.
Figura 12 Posizionamento della cella a flusso sul piano portacelle
Documento n. 1000000002695 v05 ITA Materiale n. 20014309 16
Solo a uso di ricerca. Non usare in procedimenti diagnostici.Guida del sistema MiniSeq
6 Chiudere il coperchio a scatto per assicurare in posizione la cella a flusso.
Figura 13 Chiusura del coperchio a scatto della cella a flusso
7 Chiudere lo sportello dello scomparto della cella a flusso.
Caricamento della cartuccia di reagenti
1 Aprire lo sportello dello scomparto reagenti.
2 Se presente, rimuovere la cartuccia di reagenti usati.
NOTA
Per semplificare lo smaltimento sicuro dei reagenti non usati contenenti formammide, il serbatoio in
posizione n. 9 è rimovibile. Vedere Rimozione del serbatoio usato dalla posizione n. 9 a pagina 26.
3 Fare scorrere la cartuccia di reagenti nello scomparto reagenti fino a quando la cartuccia si arresta.
Figura 14 Caricamento della cartuccia di reagenti
Documento n. 1000000002695 v05 ITA Materiale n. 20014309 17
Solo a uso di ricerca. Non usare in procedimenti diagnostici.Guida del sistema MiniSeq
Svuotamento del flacone dei reagenti usati
1 Rimuovere il flacone dei reagenti usati dallo scomparto.
Figura 15 Rimozione del flacone dei reagenti usati
2 Per evitare fuoriuscite quando si trasporta il flacone dei reagenti usati, sigillare l'apertura del flacone con il
tappo filettato.
Figura 16 Sigillo del flacone dei reagenti usati
3 Smaltire i contenuti in base agli standard applicabili.
AVVERTENZA
Questo set di reagenti contiene materiali chimici potenzialmente pericolosi. L'inalazione, l'ingestione, il
contatto con la pelle o con gli occhi possono causare lesioni personali. Indossare l'attrezzatura
protettiva, inclusi protezione per gli occhi, guanti e indumento da laboratorio appropriato per evitare i
rischi di esposizione. Manipolare i reagenti usati come rifiuti chimici e smaltirli in base alle leggi e alle
regolamentazioni applicabili a livello regionale, nazionale e locale. Per ulteriori informazioni ambientali, di
salute e di sicurezza, vedere le SDS alla pagina Web support.illumina.com/sds.html.
4 Con il tappo filettato rimosso, fare scorrere il flacone dei reagenti usati nello scomparto fino all'arresto.
5 Chiudere lo sportello dello scomparto e selezionare Next (Avanti).
Documento n. 1000000002695 v05 ITA Materiale n. 20014309 18
Solo a uso di ricerca. Non usare in procedimenti diagnostici.Guida del sistema MiniSeq
Conferma dei parametri della corsa
1 Confermare i parametri della corsa.
Il software di controllo conferma il numero dei cicli specificati utilizzando i seguenti criteri:
u I cicli totali non superano i cicli massimi consentiti in base alla cartuccia di reagenti caricata per la
corsa.
u I cicli per Read 1 (Lettura 1) sono superiori ai sei cicli richiesti per la generazione della griglia per
l'identificazione dei cluster.
u I cicli di Index Read (Lettura indici) non superano i cicli Read 1 (Lettura 1) e Read 2 (Lettura 2).
NOTA
Assicurarsi di specificare il numero di cicli di Index Read (Lettura indici) appropriato per le librerie che si
stanno sequenziando. Per maggiori informazioni, vedere la documentazione relativa alla preparazione
delle librerie.
2 [Facoltativo] Selezionare Edit (Modifica) per modificare i parametri della corsa. Una volta terminato,
selezionare Save (Salva).
u Run parameters (Parametri della corsa): modificare il tipo di lettura o il numero di cicli per la lettura.
u Custom primers (Primer personalizzati): modificare le impostazioni per i primer personalizzati.
3 Selezionare Next (Avanti).
NOTA
Non aprire lo sportello dello scomparto reagenti o lo sportello dello scomparto della cella a flusso durante
la verifica automatica o durante la corsa di sequenziamento.
Revisione della verifica pre-corsa
1 Rivedere i risultati della verifica automatica.
u Per interrompere una verifica in corso, selezionare Cancel (Annulla).
u Per qualsiasi voce che non supera la verifica, è richiesta un'azione prima di poter procedere. Vedere
Errori della verifica automatica a pagina 35.
u Per riavviare la verifica, selezionare Retry (Riprova). La verifica riprende dalla prima verifica non
completata o non superata.
2 Per avviare la corsa, selezionare dalle seguenti opzioni.
u Se il sistema non è stato configurato per l'avvio automatico dopo una verifica completata
correttamente, selezionare Start (Avvia).
u Se il sistema è stato configurato per l'avvio automatico dopo una verifica completata correttamente,
la corsa di sequenziamento si avvia automaticamente. Non è necessaria la presenza dell'utente.
Tuttavia, se si verifica un errore durante la verifica, la corsa non viene avviata automaticamente.
Impostazione di una corsa (configurazione Local Run Manager)
1 Nella schermata Home (Inizio), selezionare Sequence (Sequenziamento).
Il comando Sequence (Sequenzia) rilascia i materiali di consumo utilizzati in una corsa precedente e apre
la serie di schermate per l'impostazione della corsa.
2 Dalla schermata Run Setup (Impostazione corsa), selezionare Local Run Manager.
Documento n. 1000000002695 v05 ITA Materiale n. 20014309 19
Solo a uso di ricerca. Non usare in procedimenti diagnostici.Guida del sistema MiniSeq
3 Facoltativo: selezionare Use BaseSpace Sequence Hub (Utilizza BaseSpace Sequence Hub).
Selezionare monitoraggio e archiviazione della corsa o solo monitoraggio della corsa. Quando abilitato,
sono richiesti un login a BaseSpace e una connessione Internet.
Accesso a Local Run Manager
1 Immettere il nome utente e la password.
Quando Local Run Manager User Management è spento non sono richieste le credenziali di accesso.
2 Selezionare Next (Avanti).
Selezione di una corsa disponibile
1 Selezionare un nome della corsa dall'elenco delle corse disponibili.
Utilizzare le frecce verso l'alto e verso il basso per scorrere nell'elenco o inserire un nome della corsa nel
campo Search (Cerca).
2 Selezionare Next (Avanti).
Caricamento della cella a flusso
1 Aprire lo sportello dello scomparto della cella a flusso.
2 Premere il pulsante di sblocco a destra del coperchio a scatto della cella a flusso.
Figura 17 Apertura del coperchio a scatto della cella a flusso
3 Se presente, rimuovere la cella a flusso usata in una corsa precedente.
4 Accertarsi che il piano portacelle sia pulito. Se sono presenti residui, pulire il piano portacelle con una
salvietta imbevuta di alcol.
5 Posizionare la cella a flusso sul piano portacelle sopra i perni di allineamento.
Figura 18 Posizionamento della cella a flusso sul piano portacelle
Documento n. 1000000002695 v05 ITA Materiale n. 20014309 20
Solo a uso di ricerca. Non usare in procedimenti diagnostici.Guida del sistema MiniSeq
6 Chiudere il coperchio a scatto per assicurare in posizione la cella a flusso.
Figura 19 Chiusura del coperchio a scatto della cella a flusso
7 Chiudere lo sportello dello scomparto della cella a flusso.
Caricamento della cartuccia di reagenti
1 Aprire lo sportello dello scomparto reagenti.
2 Se presente, rimuovere la cartuccia di reagenti usati.
NOTA
Per semplificare lo smaltimento sicuro dei reagenti non usati contenenti formammide, il serbatoio in
posizione n. 9 è rimovibile. Vedere Rimozione del serbatoio usato dalla posizione n. 9 a pagina 26.
3 Fare scorrere la cartuccia di reagenti nello scomparto reagenti fino a quando la cartuccia si arresta.
Figura 20 Caricamento della cartuccia di reagenti
4 Dall'elenco a discesa Recipe (Ricetta), selezionare una ricetta. Sono elencate solo le ricette compatibili.
Documento n. 1000000002695 v05 ITA Materiale n. 20014309 21
Solo a uso di ricerca. Non usare in procedimenti diagnostici.Guida del sistema MiniSeq
Svuotamento del flacone dei reagenti usati
1 Rimuovere il flacone dei reagenti usati dallo scomparto.
Figura 21 Rimozione del flacone dei reagenti usati
2 Per evitare fuoriuscite quando si trasporta il flacone dei reagenti usati, sigillare l'apertura del flacone con il
tappo filettato.
Figura 22 Sigillo del flacone dei reagenti usati
3 Smaltire i contenuti in base agli standard applicabili.
AVVERTENZA
Questo set di reagenti contiene materiali chimici potenzialmente pericolosi. L'inalazione, l'ingestione, il
contatto con la pelle o con gli occhi possono causare lesioni personali. Indossare l'attrezzatura
protettiva, inclusi protezione per gli occhi, guanti e indumento da laboratorio appropriato per evitare i
rischi di esposizione. Manipolare i reagenti usati come rifiuti chimici e smaltirli in base alle leggi e alle
regolamentazioni applicabili a livello regionale, nazionale e locale. Per ulteriori informazioni ambientali, di
salute e di sicurezza, vedere le SDS alla pagina Web support.illumina.com/sds.html.
4 Con il tappo filettato rimosso, fare scorrere il flacone dei reagenti usati nello scomparto fino all'arresto.
5 Chiudere lo sportello dello scomparto e selezionare Next (Avanti).
Documento n. 1000000002695 v05 ITA Materiale n. 20014309 22
Solo a uso di ricerca. Non usare in procedimenti diagnostici.Guida del sistema MiniSeq
Conferma dei parametri della corsa
1 Confermare i parametri della corsa.
Il software di controllo conferma il numero dei cicli specificati utilizzando i seguenti criteri:
u I cicli totali non superano i cicli massimi consentiti in base alla cartuccia di reagenti caricata per la
corsa.
u I cicli per Read 1 (Lettura 1) sono superiori ai sei cicli richiesti per la generazione della griglia per
l'identificazione dei cluster.
u I cicli di Index Read (Lettura indici) non superano i cicli Read 1 (Lettura 1) e Read 2 (Lettura 2).
NOTA
Assicurarsi di specificare il numero di cicli di Index Read (Lettura indici) appropriato per le librerie che si
stanno sequenziando. Per maggiori informazioni, vedere la documentazione relativa alla preparazione
delle librerie.
2 [Facoltativo] Selezionare Edit (Modifica) per modificare i parametri della corsa. Una volta terminato,
selezionare Save (Salva).
u Run parameters (Parametri della corsa): modificare il tipo di lettura o il numero di cicli per la lettura.
u Custom primers (Primer personalizzati): modificare le impostazioni per i primer personalizzati.
3 Selezionare Next (Avanti).
NOTA
Non aprire lo sportello dello scomparto reagenti o lo sportello dello scomparto della cella a flusso durante
la verifica automatica o durante la corsa di sequenziamento.
Revisione della verifica pre-corsa
1 Rivedere i risultati della verifica automatica.
u Per interrompere una verifica in corso, selezionare Cancel (Annulla).
u Per qualsiasi voce che non supera la verifica, è richiesta un'azione prima di poter procedere. Vedere
Errori della verifica automatica a pagina 35.
u Per riavviare la verifica, selezionare Retry (Riprova). La verifica riprende dalla prima verifica non
completata o non superata.
2 Per avviare la corsa, selezionare dalle seguenti opzioni.
u Se il sistema non è stato configurato per l'avvio automatico dopo una verifica completata
correttamente, selezionare Start (Avvia).
u Se il sistema è stato configurato per l'avvio automatico dopo una verifica completata correttamente,
la corsa di sequenziamento si avvia automaticamente. Non è necessaria la presenza dell'utente.
Tuttavia, se si verifica un errore durante la verifica, la corsa non viene avviata automaticamente.
Documento n. 1000000002695 v05 ITA Materiale n. 20014309 23
Solo a uso di ricerca. Non usare in procedimenti diagnostici.Guida del sistema MiniSeq
Monitoraggio del progresso della corsa
1 Monitorare il progresso della corsa, le intensità e i punteggi qualitativi mentre le metriche vengono
visualizzate sulla schermata.
Figura 23 Progresso e metriche della corsa di sequenziamento
A Progresso della corsa: mostra la fase in corso di elaborazione e il numero di cicli completati per ogni lettura.
La barra di progresso non è proporzionale alla velocità della corsa di ogni fase.
B Q-Score (Punteggi qualitativi): mostra la distribuzione dei punteggi qualitativi. Vedere Punteggio qualitativo a
pagina 47.
C Intensity (Intensità): mostra il valore delle intensità dei cluster per il 90° percentile per ogni tile. I colori del
grafico indicano ciascuna base: rosso è A, verde è C, blu è G e nero è T.
D Cluster Density (K/mm²) (Densità dei cluster - K/mm²): mostra il numero di cluster rilevati per la corsa.
E Clusters Passing Filter (%) (Cluster che attraversano il filtro - %): mostra la percentuale di cluster che
attraversano il filtro. Vedere Cluster che attraversano il filtro a pagina 47.
F Estimated Yield (Gb) (Resa prevista - Gb): mostra il numero di basi previste per la corsa.
G Stato del trasferimento dei dati: mostra lo stato di trasferimento dei dati in base alla configurazione
dell'analisi.
H Data e ora del completamento: mostra la data e l'ora in cui è stata completata la corsa (aaaa-mm-gg
hh:mm).
NOTA
Dopo aver selezionato Home (Inizio), non è possibile tornare a visualizzare le metriche della corsa. Tuttavia, le
metriche della corsa sono accessibili su BaseSpace, mediante un computer sulla rete utilizzando
Sequencing Analysis Viewer, oppure da un computer sulla rete utilizzando Local Run Manager.
Cicli per le metriche della corsa
Le metriche della corsa vengono visualizzate in diversi punti in una corsa.
u Durante le fasi di generazione di cluster non appare alcuna metrica.
u I primi cinque cicli sono riservati per la generazione della griglia per l'identificazione dei cluster.
u Al ciclo sei, sono disponibili le densità dei cluster e le intensità del ciclo uno non elaborate.
u Dopo il ciclo 25, sono disponibili i cluster che attraversano il filtro, la resa e i punteggi qualitativi.
Documento n. 1000000002695 v05 ITA Materiale n. 20014309 24
Solo a uso di ricerca. Non usare in procedimenti diagnostici.Guida del sistema MiniSeq Stato del trasferimento dei dati In base alla configurazione per l'analisi selezionata, durante la corsa viene visualizzata sullo schermo un'icona per indicare lo stato della connessione dei dati. Stato BaseSpace Lo cal Run Manag er Indipendente Collegato In fase di trasferimento dei dati Scollegato Disattivato Sullo schermo potrebbero apparire diverse icone. Ad esempio, se i dati della corsa sono in fase di trasferimento a BaseSpace e a un'ulteriore cartella di output, vengono visualizzate un'icona BaseSpace e un'icona indipendente. Universal Copy Service MiniSeq System Software Suite include un Universal Copy Service. Mentre il software RTA genera file, il servizio copia i file nella cartella di output specificata. Se durante la corsa viene interrotto il trasferimento dei dati, i dati vengono archiviati temporaneamente sul computer dello strumento. Quando la connessione viene ripristinata, il trasferimento dei dati riprende automaticamente durante la corsa. Se la connessione non viene ripristinata prima del termine della corsa, spostare manualmente i dati nella posizione prescelta. Trasferimento a BaseSpace Universal Copy Service trasferisce i dati della corsa a BaseSpace. I dati vengono trasferiti in modo continuo da Universal Copy Service a BaseSpace. Se viene specificata un'ulteriore posizione per i dati della corsa, i dati vengono trasferiti a quella posizione indipendentemente dallo stato di Universal Copy Service. Lavaggio post-corsa automatico Al completamento della corsa di sequenziamento, il software avvia un lavaggio post-corsa automatico utilizzando la soluzione di lavaggio e NaOCl forniti nella cartuccia di reagenti. Il lavaggio post-corsa automatico dura circa 60 minuti. Al termine del lavaggio, il pulsante Home (Inizio) diventa attivo. Durante il lavaggio, i risultati del sequenziamento rimangono visibili sulla schermata. Dopo il lavaggio Dopo il lavaggio, i pescanti rimangono nella posizione abbassata per impedire che aria entri nel sistema. Lasciare la cartuccia in posizione fino alla corsa successiva. Documento n. 1000000002695 v05 ITA Materiale n. 20014309 25 Solo a uso di ricerca. Non usare in procedimenti diagnostici.
Guida del sistema MiniSeq
Rimozione del serbatoio usato dalla posizione n. 9
Il serbatoio in posizione n. 9 della cartuccia di reagenti contiene formammide. Prima di smaltire la cartuccia di
reagenti usati, è possibile rimuovere il serbatoio dalla posizione n. 9 per smaltirlo separatamente.
1 Indossando guanti, premere verso il basso sulla linguetta di rilascio bianca alla posizione n. 9 per rompere
i tre punti di connessione.
Figura 24 Linguetta di rilascio alla posizione n. 9
A Linguetta di rilascio intatta
B Clip del serbatoio
2 Fare scorrere lateralmente la linguetta di rilascio verso il bordo sinistro della cartuccia, in modo che la
linguetta di rilascio scorra sotto la copertura della cartuccia.
Figura 25 Linguetta di rilascio rimossa, clip del serbatoio esposta
A Linguetta di rilascio mostrata sotto la copertura della cartuccia
B Clip del serbatoio
3 Premere verso il basso e verso destra la clip del serbatoio in plastica trasparente.
Il serbatoio viene rilasciato dalla sua posizione sotto la cartuccia di reagenti.
4 Smaltire il serbatoio in base agli standard applicabili.
AVVERTENZA
Questo set di reagenti contiene materiali chimici potenzialmente pericolosi. L'inalazione, l'ingestione, il
contatto con la pelle o con gli occhi possono causare lesioni personali. Indossare l'attrezzatura protettiva,
inclusi protezione per gli occhi, guanti e indumento da laboratorio appropriato per evitare i rischi di
esposizione. Manipolare i reagenti usati come rifiuti chimici e smaltirli in base alle leggi e alle regolamentazioni
applicabili a livello regionale, nazionale e locale. Per ulteriori informazioni ambientali, di salute e di sicurezza,
vedere le SDS alla pagina Web support.illumina.com/sds.html.
Documento n. 1000000002695 v05 ITA Materiale n. 20014309 26
Solo a uso di ricerca. Non usare in procedimenti diagnostici.Puoi anche leggere
