DALLA RICERCA DI BASE ALLO SVILUPPO DI TERAPIE INNOVATIVE PER LE MALATTIE GENETICHE.

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DALLA RICERCA DI BASE ALLO SVILUPPO DI TERAPIE INNOVATIVE PER LE MALATTIE GENETICHE.
DALLA RICERCA DI BASE ALLO SVILUPPO DI TERAPIE
   INNOVATIVE PER LE MALATTIE GENETICHE.
                         Prof. Mirko Pinotti
                               Dip. Scienze della Vita e Biotecnologie
                               Università di Ferrara

               Stati Generali della Ricerca, Piacenza, 1 giugno 2019
DALLA RICERCA DI BASE ALLO SVILUPPO DI TERAPIE INNOVATIVE PER LE MALATTIE GENETICHE.
DALLA RICERCA DI BASE ALLO SVILUPPO DI TERAPIE INNOVATIVE PER LE MALATTIE GENETICHE.
In ogni cellula
c’è una libreria
   chiamata
     DNA
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Il DNA (genoma) è una grande biblioteca
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distrofina
                                  SMN1

      Fattore VIII coagulazione
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Le nostre cellule spendono molta
  energia per impedire danni al
DNA ……MA TALVOLTA……….
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MUTAZIONI GENICHE ALLA BASE DI PATOLOGIE

   Normale                                 Mutazione

 Malattie possono essere dovute a:
 - difetti in un solo gene (monogeniche)
 - difetti di più geni
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Malattie Ereditarie
Presenti alla nascita e dovute a mutazioni sul DNA (genoma) trasmesse
                               dai genitori

 Anemia mediterranea     Distrofia muscolare     Fibrosi Cistica
    o talassemia             di Duchenne

 Le malattie ereditarie sono più di 8.000, numerose delle quali sono
 rare e poco studiate (malattie orfane)
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Ma come fa la cellula ad utilizzare
una mole così grande di informazioni?

             3 miliardi di lettere (basi)
LA CELLULA COME UNA FABBRICA

           UFFICIO                                                                        PRODUZIONE
          PROGETTI

                                                      Progetto
                                                   riassunto per
                                                  la produzione

                                                RNA messaggero                         Sintesi Proteica
               DNA                            (C’è l’informazione essenziale)          (Viene letto il messaggio e
    (archivio, grande enciclopedia)                                                 sintetizzato il prodotto-proteina
                                          1 grande libro (GENE) per ogni prodotto
1 grande libro (GENE) per ogni prodotto

                                                                                                    Mirko Pinotti Personale
ESONE       ESONE          ESONE          Gene (libro grande)

        Corretto processamento

                                          Messaggero (riassunto)

                              Proteina
                             funzionale
                                          Produzione

Normale funzione fisiologica

                                                                   Mirko Pinotti Personale
+ + -               +      + +-                    -
                                                                         +
                                            Gene (libro grande)

        Corretto processamento

                                            Messaggero (riassunto)

                              Proteina
                             funzionale
                                          Produzione

Normale funzione fisiologica

                                                                     Mirko Pinotti Personale
Mutazioni che interferiscono con il                             +
riconoscimento dell’esone                        -
*                          Gene (libro grande)

                           Messaggero (riassunto)

     Proteina alterata
     Non funzionale
                         Produzione

                                                    Mirko Pinotti Personale
La ricerca è fantasia….
 che vi verrebbe in mente di fare?

ESONE SALTATO          ESONE INCLUSO
La ricerca è fantasia….
che vi verrebbe in mente di fare?
                              Potenzio
                           elementi positivi
                              U1snRNA (+)

                                               (-)
                                    Silenziatori
                              Interferisco con
                              elementi negativi
                               (tolgo il freno)
Mutazioni che
interferiscono con il
riconoscimento dell’esone
                                                              +    U1snRNA migliorato che
                                                                    forza inclusione esone
                                                                            mutato

                      *                                  *
                                                Corretto processamento

                            Proteina alterata                             Proteina
                            Non funzionale                               funzionale

                                                                    Mirko Pinotti Personale
Ma per veicolarlo in vivo???
I Virus come cavallo di troia

                           n o»
                        «sa
                   e ne
                  G

Vettore virale come veicolo
   Del gene terapeutico

                                   Mirko Pinotti Personale
Dallo studio dei microbiologi gli strumenti per la terapia
genica: i vettori virali

                                                 Lhretibeau et al, Blood Reviews 2015

                             AAV
APPROCCI DI TERAPIA GENICA:
     EX-VIVO vs IN VIVO
Difetto ereditario di FVII
    TF FVII
                     causato da mutazione di splicing

          FIX        FVIII
                                        FVII   TF

                FX
                         FV

                     TROMBINA

Coagulo                                Emorragia
Una U1 «intelligente» è capace di ripristinare
                                         processamento e produzione della proteina
                                         mancante nel modello animale

                                 hFVII mRNA (RT-PCR)                        hFVII protein (HI)

                                                                                                 pAAV-FVIIwt
                                pAAV-FVIIwt   pAAV-FVII+5A

                                                        +
          bp M                                     pAAV-U1+5a
                                                                h7F   h8R
          300                                                           a
                                                        2              n
          200

                                100
                                                                a
                                                                1
                                80                              1
                                                                n
                                                                2

                                                                                                                pAAV-FVII+5A
                % total hFVII

                                60

                                                                                                   pAAV-U1+5a
                                40

                                                                                                                +
                                20

                                 0
n= 4 mice/group           1                   2         3
Molar ratio U1+5a/FVII+5A=1,5

                                                                                       Balestra et al, JTH 2014
ATROFIA MUSCOLARE
 SPINALE (SMA)
Causata da mutationi/delezioni
  nel gene SMN1 (Survival
    motor neuron 1) gene.

                     SMN1
            exon 6   exon 7   exon 8
 pre-mRNA

  mRNA

  Protein

                                       Modified from Burghes et al. Nat.Rev. Neuroscience 2009
Terapia genica sostitutiva per
 la SMA (2.1 milioni ad iniezione)

                                      Tuttavia sto
                                     inserendo un
                                      gene nuovo
                                N1
                           SM

       Vettore virale come veicolo
          Del gene terapeutico

                                        Mirko Pinotti Personale
Possiamo «inventare» altre
        strategie?

Magari agendo sullo «splicing»
   come mostrato prima?
SMA: l’evoluzione ci ha fornito
 una via terapeutica alternativa
Causata da mutationi/delezioni          Nel genoma umano sono presenti una o più
  nel gene SMN1 (Survival              copie di uno pseudogene (SMN2) che è quasi
    motor neuron 1) gene.                identico a SMN1 con l’eccezione di una
                                          mutazione che causa salto dell’esone 7

                     SMN1                                         SMN2
            exon 6   exon 7   exon 8
  pre-mRNA

   mRNA
                                                               Exon 7 skipping

  Protein

                                                                        Modified from Burghes et al. Nat.Rev. Neuroscience 2009
ATROFIA MUSCOLARE
 SPINALE (SMA)
        Causata da                      Nel genoma umano sono presenti una o più
                                       copie di uno pseudogene (SMN2) che è quasi                   E se correggessi
 mutationi/delezioni nel gene
SMN1 (Survival motor neuron
             1)
                                         identico a SMN1 con l’eccezione di una
                                         mutazione che causa salto dell’esone 7
                                                                                                   processamento di
                                                                                                        SMN2)            ?
                     SMN1                                         SMN2                       SMN2
            exon 6   exon 7   exon 8
 pre-mRNA                                                                                               T

  mRNA
                                                               Exon 7 skipping

  Protein

                                                                        Modified from Burghes et al. Nat.Rev. Neuroscience 2009
(-)
     Silenziatori
Interferisco con
elementi negativi
 (tolgo il freno)
Oppure togliendo «un freno» ovvero
mascherando un elemento inibitore
Sebbene corregga la funzione
    del gene endogeno, la
    molecola deve essere
 somministrata più volte per
    iniezione intratecale
Possiamo invece combinare i
vantaggi di questi due approcci
ovvero

-una iniezione sola
-correggendo il meccanismo
endogeno?
Potenzio
elementi positivi
   U1snRNA (+)
ATROFIA MUSCOLARE
 SPINALE (SMA)
        Causata da                      Nel genoma umano sono presenti una o più
                                       copie di uno pseudogene (SMN2) che è quasi                       Engineered
 mutationi/delezioni nel gene
SMN1 (Survival motor neuron
             1)
                                         identico a SMN1 con l’eccezione di una
                                         mutazione che causa salto dell’esone 7
                                                                                                        U1snRNA
                                                                                                        (ExSpeU1)        ?
                     SMN1                                         SMN2                       SMN2
            exon 6   exon 7   exon 8
 pre-mRNA                                                                                               T

  mRNA
                                                               Exon 7 skipping

  Protein

                                                                        Modified from Burghes et al. Nat.Rev. Neuroscience 2009
L’iniezione di AAV9-
ExSpeU1         ripristina
l’inclusione di SMN2 nei
vari tessuti del topo
SMA

                             Dal Mas et al. Am J Hum Genet 2015
Una sola iniezione di AAV-ExSpeU1
aumenta marcatamente la sopravvivenza
       (da una media di 10 gg a 219 gg!!)

                       normali

                                 Donadon et al. Nucleic Acids research 2019
Una sola iniezione di AAV-ExSpeU1 aumenta
marcatamente la funzionalità neuromuscolare

         Hanging test                      Rotarod test
           Normali      Topi SMA trattati

                              Donadon et al. Nucleic Acids research 2019
Brevetto
                         (EU, USA,
                         China, etc)
«Molecule of human U1snRNA, gene encoding a molecule of modified human
U1snRNA, expression vector including the gene, and use in gene therapy”

                        Big-pharma
                          (negotiation)
Collaborative Network
                                                            F. Pagani
                                                          ICGEB, Trieste

University of Pennsylvania                    International Centre for
           CHOP                               Genetic Engineering and
   Philadelphia, PA, USA                          Biotechnology –
                                                    Trieste -Italy

                             Genethon
                             Paris - France
Ma possiamo addirittura ovviare
alla esigenza dell’uso di virus?
H2020 European Project
«ENDOSCAPE, a clinically applicable non-viral gene delivery technology »
Perché dopo essere venuti alla luce
     NON si ritorni nel buio
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