Università degli Studi di Roma "Tor Vergata" Scheda Insegnamento/Attività Formativa
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Università degli Studi di Roma “Tor Vergata”
Scheda Insegnamento/Attività Formativa
Docente responsabile dell’insegnamento/attività formativa
Nome Gabriele
Cognome Ausiello
Denominazione insegnamento/attività formativa
Italiano Bioinformatica
Inglese Bioinformatics
Informazioni insegnamento/attività formativa
A.A. 2022/2023
CdS Bioinformatica
Codice 8066363
Canale unico
CFU 6
Obiettivi formativi e risultati di apprendimento attesi
OBIETTIVI FORMATIVI:
apprendere un linguaggio di programmazione
apprendere gli elementi dei metodi di analisi delle sequenze biologiche
CONOSCENZA E CAPACITÀ DI COMPRENSIONE:
Italiano
elementi di programmazione con il linguaggio 'Ruby'
imparare a leggere interpretare e sviluppare semplice codice
per l'analisi di sequenze biologiche
CAPACITÀ DI APPLICARE CONOSCENZA E COMPRENSIONE:
Gli studenti impareranno a risolvere semplici problemi in ambito
informatico e bioinformatico
AUTONOMIA DI GIUDIZIO:
Gli studenti acquisiranno la capacità di integrare le conoscenze e
gestire la complessità dei problemi Mod. scheda Attività Formativa v.1.0
nonché di formulare giudizi sulla base di informazioni limitate o incomplete
ABILITÀ COMUNICATIVE:Università degli Studi di Roma “Tor Vergata”
Scheda Insegnamento/Attività Formativa
LEARNING OUTCOMES:
learn a programming language
learn the elements of biological sequence analysis methods
KNOWLEDGE AND UNDERSTANDING:
Inglese
programming elements with the 'Ruby' language
learn to read interpret and develop simple code
for the analysis of biological sequences
APPLYING KNOWLEDGE AND UNDERSTANDING:
Students will learn to solve simple problems in the field
IT and bioinformatics
Prerequisiti
MAKING JUDGEMENTS:
nessuno
Students will acquire the ability to integrate knowledge e
manage the complexity of problems
Italiano as well as making judgments based on limited or incomplete information
COMMUNICATION SKILLS:
Testo fisso 2
Students will learn to write code that is easily understood by others
none
and easily editable
Inglese LEARNING SKILLS:
Students will acquire the skills necessary to learn on their own
new programming languages and
new features of the Ruby language.
Programma
Il Linguaggio di Programmazione Ruby:
Variabili, Stringhe, l'espressione IF, Cicli, Vettori, Files, Funzioni, Classi, Matrici
Analisi delle sequenze in Ruby:
Identita' e similarita' di sequenze, Allineamenti di sequenze, Allineamenti locali e globali,
Italiano Matrici di sostituzione, Alberi di sequenze, Allineamenti Multipli.
Mod. scheda Attività Formativa v.1.0Università degli Studi di Roma “Tor Vergata”
Scheda Insegnamento/Attività Formativa
Ruby Programming Language:
Variables, Strings, If Expression, Loops, Arrays, Files, Functions, Classes, Matrices.
Sequence Analysis in Ruby:
Sequences Identity and Similarity, Sequences alignment, Local and Global Alignments,
Inglese Substitution matrices, Sequences Trees, Multiple Alignments.
Modalità di svolgimento
Modalità in presenza
Modalità a distanza
Testo
Descrizione della fisso 2 di svolgimento e metodi didattici adottati
modalità
il docente presenta problemi di programmazione alla lavagna e gli studenti scrivono il codice
sul proprio computer portatile necessario a risolvere il problema. Gli esercizi sono svolti da
Italiano soli o con l'aiuto del docente o dei compagni. La soluzione degli esercizi viene quindi
mostrata dal docente e discussa.
Testo fisso 2
The teacher shows programming exercises on the blackboard and the students write the
code on their laptop necessary to solve the problem. The exercises are carried out alone or
Inglese with the help of the teacher or classmates. The solution of the exercises is then shown by
the teacher and discussed.
Modalità di frequenza
Frequenza obbligatoria
Frequenza facoltativa
Mod. scheda Attività Formativa v.1.0Università degli Studi di Roma “Tor Vergata”
Scheda Insegnamento/Attività Formativa
Descrizione della modalità di frequenza
Italiano
Testo fisso 2
Inglese
Modalità di valutazione
Prova scritta
Prova orale
Valutazione in itinere
Valutazione di progetto
Valutazione di tirocinio
Prova pratica
Prova di laboratorio
Descrizione delle modalità e dei criteri di verifica dell’apprendimento
2 prove pratiche (esoneri)
o 1 prova pratica finale
Ciascuna prova pratica consiste in 2/4 esercizi di programmazione. Gli studenti avranno a
Italiano disposizione tutto il codice scritto durante il corso o qualsiasi altro materiale abbiano sul
proprio computer. Non è possibile collegarsi a internet. Gli studenti scrivono e testano il loro
codice che alla fine della prova viene consegnato per mail al docente.
Il voto sarà graduato in base ai seguenti criteri:
graduazione del voto per esame orale
18-21, lo studente ha acquisito i concetti di base della disciplina, modo di esprimersi e
linguaggio sufficientemente corretti e appropriati.
22-25, lo studente ha acquisito in maniera approfondita i concetti di base della disciplina, ed
è adeguatamente in grado di effettuare i collegamenti fra le varie materie. Presenta linearità
nella strutturazione del discorso. Il linguaggio è appropriato e corretto.
26-29, lo studente possiede un bagaglio di conoscenze completo e ben strutturato. È in
grado di applicare e rielaborare in maniera autonoma, senza alcun errore, le conoscenze
acquisite. Evidenzia ricchezza di riferimenti e capacità logico-analitiche con un linguaggio
Mod. scheda Attività Formativa v.1.0
fluido, appropriato e vario.
30 e 30 e lode, lo studente possiede un bagaglio di conoscenze completo e approfondito.
Sa applicare conoscenze a casi e problemi complessi ed estenderle a situazioni nuove. IUniversità degli Studi di Roma “Tor Vergata”
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2 practical tests (exemptions)
or 1 final practical test
Each practical test consists of 2/4 programming exercises. Students will have access to all
Inglese the code written during the course or any other material they have on their computer. It is not
possible to connect to the internet. The students write and test their code which at the end of
the test is delivered by email to the teacher.
The grades will be graded according to the following criteria:
18-21, the student has acquired the basic concepts of the discipline and how to express
themselves and language sufficiently correct and appropriate.
22-25, the student has acquired in depth the basic concepts of the discipline, and is
Testi adottatiadequately able to make the connections between the various subjects. Presents linearity in
the structuring of speech. The language is appropriate and correct.
26-29, the student has a complete and well-structured set of knowledge. He/She is able to
Programming
independently Ruby
apply(2nd edition): The the
and re-elaborate Pragmatic Programmers'
acquired Guide any errors. The
knowledge without
by Dave Thomas, with Chad Fowler and Andy Hunt
student highlights a wealth of references and logical-analytical skills with a fluid, appropriate
Italiano and varied language.
30 and 30 cum laude, the student has a complete and in-depth knowledge base. The
student knows how to apply knowledge to complex cases and problems and extend it to new
situations. The cultural references are rich and up-to-date. The student expresses itself with
brilliance and perfect
Programming language
Ruby (2nd properties.
edition): The Pragmatic Programmers' Guide
by Dave Thomas, with Chad Fowler and Andy Hunt
Inglese
Bibliografia di riferimento
Italiano
Inglese
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